본 서는 종교의 자유, 정교분리, 종교와 행정규제의 세 부분으로 되어 있다. 종교와 행정규제도 크게 보면 종교의 자유 또는 정교분리에 포함되는 영역이지만 세금, 건축, 교육문제 등은 특수한 분야이므로 이를 따로 분리하였다.
이 책을 집필함에 있어 다음과 같은 점에 유의하였다.
첫째, 종교분쟁사례라고 하지만 그 대부분은 기독교(개신교) 관련 사례를 중심으로 구성하였다.
둘째, 종교분쟁을 입체적으로 이해함에 있어서는 법리적 측면에서의 분석과 함께 교리적인 분석도 함께 하였다.
셋째, 이 책의 주된 독자층으로 법학도보다는 종교인, 특히 목사와 같은 성직자를 염두에 두었다.
넷째, 이 책이 종교인을 주된 대상으로 하는 만큼 법률전문가가 아닌 사람들도 쉽게 이해할 수 있게 구성하였다는 점이다. 그래서 각 사례의 사실관계를 쉽게 파악할 수 있도록 그림으로 도식화하고 당사자들의 엇갈린 주장도 대비하여 소개하였다.
다섯째, 다종교사회인 우리나라에서 종교문제가 가지는 예민함을 감안해서 가급적 균형을 잃지 않고 객관적이고 논리적인 접근을 하려고 노력하였다.
