배경: 서기 3270년
1. 의문의 시작 : 문제의 시작. 소장과 실장의 만남.
2. 악몽 : 자아의 충돌과 이중 자아의 의문.
3. 불청객 : 복제인간 벨의 CE. 복제인간의 살해 의문.
4. 위험한 인연 : 흑현과 루릭 형제의 만남.
5. 예정된 만남 : 로빈과 앨리스의 만남. 앨리스와 흑현의 만남. 사브리나 리델 박사의 의문의 죽음.
6. 그림자 : 루릭 형제의 정체.
7. 딜레마 : 흑현, 정체성의 혼란.
8. 뫼비우스의 띠 : 소장의 전뇌와 이중 자아. 로빈의 안드로이드.
9. 구루 : 고차원 생명체 구루의 등장.
10. 아마게돈 : 신의 창조. 비슈누. 시바의 창조물. 넬의 경로.
11. 신의 사자 : 넬의 경로인 분수대 순찰. 시바의 메시아 칼리 레이.
12. 블랙박스 : 블랙박스와 암호
13. 퍼즐의 서막 : 칸의 살해와 실종. 의식의 전환과 생체 에디트 실험.
14. 넬의 우주 : 넬의 하이퍼큐브. 넬과의 만남.
15. 안드로이드의 영혼 : 세니디언사의 계획.
16. 넬의 실수
17. 벨 루릭의 의도 : 넬과 시바의 분리. A.R.I의 실체. 비밀. 슈뢰딩거의 고양이. 중첩 영역에서의 게임.
18. 평행우주 : 2136년 초강대국 미국의 선택
19. 히든카드 : 흑현의 파일과 칸의 DNA
20. 밈 : 집단적 무의식의 창조. 유리아 행성.
21. 천년왕국 : 루릭 형제, 칼리 레이와의 만남.
22. 극락조
23. 시바의 악몽 : 시바와의 교감. 인터페이스. 오즈로의 여행.
24. 의도된 계획: 원본 없는 복사 : DNA에 대한 의문.
25. 방주 : 루릭 형제의 방주. 오즈와 루시드 드림. 시바의 재창조.
26. 인도 받은 자 : 꿈꾸는 시바. 비슈누의 인도를 받은 자. 소장의 위기
27. 시바의 안식처 : 시바와 만남.
28. 쌍둥이 우주 : 시바와 대화.
29. 아나스타샤 : 아나스타샤 루릭의 생존.
30. 또 다른 문 : 탈출, 넬의 오즈로 이동.
31. 투리야 :아나스타샤 만남.
32. 환영의 거울 : 프라야파티의 존재. 또 다른 실장 일행과의 만남.
33. 반전 : 빅키의 배신.
34. 칸 : 루릭 형제와 구루의 만남. 칸의 비밀.
35. 감추어진 질서 : 소장, 빅키의 해방. 여정의 시작.
36. 칸의 라퓨타(Laputa) : 칸과의 만남.
37. 빛 속으로 : 프라야파티의 실체. 로빈과 노르넨의 일체화. 사브리나 리델 박사의 출현.
38. 만남 : 실장과 노르넨의 만남
39. 다시 제자리로
40. 새로운 시작
번외편. F1 월드 그랑프리 파이널