『풍수전쟁』은 대한민국 대통령에게 전달된 의문의 메시지의 의도를 추적하는 것에서 시작된다. 대통령을 비롯해 대한민국으로 향해 있는 괴이한 저주의 주문은 순식간에 대통령실을 혼란스럽게 뒤집어 놓는다. 이를 해결하기 위해 각 분야 전문가가 나서지만 메시지의 의미는 쉽게 해석되지 않고, 대통령실 행정관 김은하수에게 문제를 전담하라는 지시가 내려진다.
문제 해결에 홀로 나선 은하수는 어려움에 닥치게 되고, 그 순간 대학교 시절 전공 공부를 뒤로하고 인문학, 철학 등 분야를 가리지 않고 모든 책을 섭렵하겠다던 동기 이형연을 떠올린다. 은하수는 형연이라면 자신이 맞닥뜨린 문제에 무언가 실마리를 던져줄 것이라 믿으면서 재회하게 된다.
그러나 무속 신앙과 같은 비과학적인 관점으로 문제에 접근하는 형연을 보며 은하수는 이내 도움을 요청했던 걸 후회하지만, 오히려 메시지의 단서는 과학의 영역이 아닌 곳에서 드러나면서 이전과는 다른 새로운 국면을 맞는다.
그 과정에서 은하수는 눈으로 보이지 않고, 과학의 언어로 설명할 수 없는 현상들을 경험하게 되고, 사건의 발단이었던 의문의 메시지를 다른 관점으로 바라보게 된다. 그러던 중 현대경제연구소의 미래 예측 연구원 서동규가 괴한들에게 납치되는 사건이 벌어지고, 은하수와 형연은 공통점이 없는 줄 알았던 다양한 사건들이 한곳을 향하고 있음을 알게 된다.
국가 소멸을 야기하는 인구 절벽. 서동규를 납치했던 괴한들은 스스로를 변호하는 대신, 과격한 범행을 저질러서라도 국민 모두가 극단으로 감소하고 있는 인구 문제에 주목하길 주장한다. 유례없던 납치사건에 앞다퉈 보도를 하던 언론은 곧 초점을 인구 문제로 달리 맞추게 되고, 그사이 납치사건의 진짜 배후로 주목되던 한 노인의 행방은 쉽사리 찾지 못한 채 미궁에 빠진다.
메시지의 단서를 뒤좇던 은하수와 형연은 대통령과 대한민국을 향해 내려진 저주의 주문이 일본의 풍수를 만든 다이이치란 인물과 연관되어 있음을 알게 된다. 심상치 않은 연결 고리를 파헤치던 중, 두 사람은 주문을 풀 수 있는 결정적인 조각을 찾아내면서 쉽게 마주할 수 없는 충격적인 진실을 직면하게 된다.
흩어진 역사, 잃어버린 땅. 대한민국 미래의 존속 여부를 좌우하는 인구 문제까지. 공통점이 없다고 여겨졌던 사건들이 한곳을 가리키면서, 은하수와 형연은 더 이상 뒷걸음질 칠 수 없음을 절실히 깨닫게 된다.
대통령에게 전달된 의문의 저주를 풀기 위해 당도한 마지막 종착지. 모든 게 무너지고 난 뒤 새롭게 시작되는 이야기가 다시 한번 사람들을 경악하게 만드는데…….
두 사람은 끝내 저주를 풀 수 있을까?
은하수와 형연이 맞닥뜨린 진실은 무엇일까?
